Pour accomplir sa mission, la Confédération s'appuie sur les structures suivantes, conformément aux Statuts de la Confédération:

- L'Assemblée Générale réunit des représentants de toutes les organisations membres et est compétente pour toutes décisions statutaires. Elle a pour tâches l’élection des membres du Comité Exécutif et de la Commission de Contrôle.

- La Confédération est administrée par un Comité Exécutif composé des Directeurs élus par l'Assemblée Générale. Le Comité Exécutif se réunit au moins une fois par an et élit en son sein six membres, qui forment le Bureau Exécutif. Le Bureau se réunit deux fois par an et prend des mesures et délibérations sur les orientations stratégiques de la CIBP s’imposant dans l’intérêt de tous les membres.

- La Commission de Contrôle des Comptes vérifie la bonne administration, les livres, les comptes ainsi que les situations financières de la CIBP selon le droit belge. Il est composé de trois membres élus par l'Assemblée Générale. Les membres sont appuyés techniquement par des réviseurs externes.

- Le Secrétariat Général est l'organe permanant de la CIBP. Il est en charge du fonctionnement courant des activités de la Confédération. Il gère la préparation, le déroulement et les comptes rendus des réunions de travail de la CIBP. Il prend des initiatives pour animer le fonctionnement des différentes activités et assumer la bonne circulation des informations entre les membres (comptes rendus, échange de bonnes pratiques, points d'intérêt général) de façon à faciliter leur prise en compte par chacun.

- Les Groupes de Travail: réunissant des experts provenant des organisations membres ils sont chargés d'étudier et proposer des solutions pratiques sur des sujets d'intérêt général fixés par le Comité Exécutif.